«فردریش ویلهلم سوم» پادشاه پروس، دانشگاه بن را تاسیس کرده است، البته تاسیس آن به خاطر فشار برخی از وزرای او صورت گرفت و پادشاه پروس تمایلی برای تاسیس آن نداشت. از همین رو، سند الحاقی متعلق به پادشاه که توسط توماس بکر، مسئول آرشیو دانشگاه بن ثبت شده است، به عنوان ارزشمندترین بخش اصلی در موزه دانشگاه نگهداری می‌شود. 

ساختمان اصلی دانشگاه بن در مرکز شهر واقع شده است اما این دانشگاه دارای یک پردیس متمرکز نیست بلکه دانشکده‌ها و مراکز اداری و تحقیقاتی آن در 371 ساختمان قرار دارد.

دانشگاه بن از ابتدای تاسیس در سال 1818 تا 1928 دارای پنج دانشکده بود. در سال 1928 دانشکده حقوق و اقتصاد، که تا آن زمان بخشی از دانشکده هنر و علوم بودند، به دانشکده حقوق و اقتصاد جدید تشکیل شدند. اکنون دانشگاه بن دارای 7 دانشکده دانشکده‌ی الهیات کاتولیک، الهیات پروتستان، حقوق و اقتصاد، پزشکی، علوم انسانی، ریاضیات و علوم و علوم کشاورزی است.