از این شیوه می‌توان برای مشاهده ساختارهای مغز و تعیین اینکه کدام از بخش‌های مغز کارکردهای اساسی را انجام می‌دهند، استفاده کرد.



ام‌آرآی کارکردی همچنین برای ارزیابی آسیب ناشی از آسیب سر یا بیماری آلزایمر هم قابل‌استفاده است.



ام‌آرآی کارکردی به‌خصوص در حوزه علوم اعصاب (نوروساینس) سودمند بوده و شیوه بررسی مغز را به‌کلی متحول کرده است.این شیوه می‌تواندن ناهنجاری‌های درون مغز را که با سایر شیوه‌های تصویربرداری قابل‌یافتن نیستند، شناسایی کند.

• کاربردهای اف‌ام‌آرآی

- بررسی آناتومی کارکردی مغز.

- تعیین بخش‌هایی از مغز که کارکردهای اساسی مانند تفکر، گفتار، حرکت و حس را انجام می‌دهد که اصطلاحا به آن نقشه‌برداری مغز می‌گویند.

- پایش رشد و کارکرد تومورهای مغزی

- راهنمایی برای طرح‌ریزی جراحی، پرتودرمانی یا سایر درمان‌های تهاجمی مغز.