نقش اول این فیلم، جاش ویتون با بازی شین هارپر، دانشجوی سال اولی ساده و بی‌تکلف و یک مسیحی معتقد است. وی با درگیر شدن با مباحث فلسفی اثبات خدا و طی آشنایی با یک کشیش که او را به سمت آیات کتاب مقدس راهنمایی می‌کند در نخستین جلسه تدریسش در انتهای کلاس، به قول خودش، خدا را به دادگاه آورده، خودش را وکیل مدافع، استاد را شاکی و دانشجویان را هیئت منصفه می‌نامد.

جاش ویتون، با استفاده نظریه انفجار بزرگ سعی می‌کند وجود هر موجودی را منتشا از وجودی بالاتر بگیرد و بر این اساس به گفته‌های دانشمندی به نام استیون وینبرگ که یک انکارکننده خدا بود استناد می‌کند تا بیگ بنگ را قائم به خداوند بداند. اما وقتی استاد نقل قولی را از استیون هاوکینگ که یک انکارکننده است درباره جهان خودپرداخته می‌آورد که جهان مانند جاذبه زمین می‌تواند از هیچ، نیرویی را پدید بیاورد، جاش ویتون از جواب دادن به او بازمی‌ماند. استاد وی را در حضور دانشجویان تحقیر می‌کند.

او در راه اثبات خدا به دانشجویان، از سوی استاد تهدید به بی‌نتیجه ماندن تحصیلاتش می‌شود و به همین ترتیب، دوست‌دختری که قصد ازدواج با او را دارد به دلیل به خطر افتادن آینده جاش، او را ترک می‌کند اما او پا پس نمی‌کشد.

از سویی استاد فلسفه جاش، دوست‌دختری به نام مینا دارد که یک مسیحی است و هرچند که به وی علاقمند است اما بارها به اعتقادات او حمله کرده و در حضور دوستان خانوادگی‌ای که همگی آتئیست هستند او را مسخره و تحقیر می‌کند و کار به جایی می‌رسد که دوست دخترش تحت تاثیر حرف‌های کشیش او را ترک می‌کند.

در جلسه بعدی کلاس، جاش ویتون در ادامه روند اثبات حضور خدا ضمن اشاره به شکست در برابر جمله استیون هاوکینگ می‌گوید: اما دکتر جان لنوکس که استاد ریاضیات و فلسفه است نشان داده که جمله هاوکینگ درباره جاذبه زمین دارای سه اشکال بوده و در واقع در یک چرخه معیوب می‌افتد.

کاملا واضح بود که استاد فلسفه جاش نه به استدلال هاوکینگ که به عظمت علمی وی تکیه کرده بود و جاش هم به همین صورت توسط یک استاد معروف دیگر او را سر جای خود می‌نشاند.

جاش ویتون در ادامه روند اثبات خدا به تئوری تکامل داروین هم اشاره کرده و با نشان دادن کاستی‌های نظریه وی به نوعی لگدی دیگر به تئوری زنده نبودن خدا می‌زند و می‌گوید یک نیروی برتر از ابتدا تا اکنون مراقب خلقت بوده است.

در انتهای کلاس، جاش به صورت خصوصی از استادش می‌پرسد که چرا به جایی رسیده که خدا را باور ندارد و او در جواب جاش علت را مرگ مادرش عنوان می‌کند وقتی که او 12 ساله بوده و می‌گوید که هرچه دعا کرده خدا جوابش را نداده و بعد از آن به خودش قول داده که هرگز حضور خدا را باور نکند و ادامه می‌دهد که بزرگترین منکران تاریخ قبلا مسیحیان خوبی بوده‌اند.

در انتها جاش به استاد ثابت می‌کند که او فقط چون او از خدا متنفر است سعی دارد که نادیده‌اش بگیرد و در این امر دانشجویان کلاس او را تایید می‌کنند و می‌گویند که خدا نمرده است. پلان شکست خوردن استاد فلسفه در حضور دانشجویان آنقدر تاثیرگذار است که حتی تنها دانشجوی چینی کلاس هم تصمیم می‌گیرد به آیین مسیحیت روی بیاورد.

فیلم خدا نمرده است، فیلمی است بسیار تاثیرگذار که بیننده حتما تا ساعتی بعد از پایان فیلم هم همراه خود می‌برد. درامی که در کنار خط تعلیق اصلی فیلم چندین خرده روایت دیگر را هم دور یکدیگر جمع کرده است:

داستان دختر خبرنگار معروف و ضدمسیحی که وقتی خبر سرطانی بودنش را می‌شنود تمام امیدش به دنیا را از دست می‌دهد و در جریان مصاحبه‌اش با یک گروه موسیقی که برای مسیح علیه‌السلام تبلیغ می‌کنند، ایمان می‌آورد. استاد فلسفه دانشگاه هم در پایان فیلم پس از آنکه در یک شب بارانی تصادف می‌کند و متوجه می‌شود که در لحظات پایانی زندگی‌اش به سر می‌برد ناگهان باز هم همان کشیش بالای سرش حاضر می‌شود و وی را متقاعد می‌کند که به مسیح علیه‌السلام ایمان بیاورد.

اما آنچه که در اینجا از همه مهمتر به نظر می‌رسد، روایتی است کوتاه از زندگی دختری مسلمان و ایرانی به نام عایشه. این دختر که با پدر و برادر کوچکتر خود زندگی می‌کند کم‌کم به تعلیمات مسیحیت علاقمند شده و دین خود را عوض می‌کند. کشیشی که به جاش کمک کرده بود تا از پس مناظره با استادش بربیاید به عایشه هم کمک می‌کند تا بتواند به آیین مسیحیت روی بیاورد.

هرچند که خرده روایت زندگی دختری ایرانی در این فیلم شاید مجموعا 8 دقیقه از فیلم را به خود اختصاص داده باشد اما در بخشی از فیلم کاملا مشخص است که هارولد کرونک کارگردان این فیلم، تمام سعی خود را برای اجرای یک نمایش خوب تو تاثیرگذار در امر ایران‌هراسی به کار برده است.

پدر عایشه که در طول فیلم فقط یک جا و آن هم دو کلمه فارسی حرف می‌زند (سلام دخترم) تا نه تنها مسلمان بودن بلکه ایرانی بودنش را اثبات کند، مردی میانسال و بسیار غیرتی و متعصب است. وی دخترش عایشه را مجبور می‌کند تا علیرغم میل درونی‌اش با روسری به دانشگاه برود؛ هرچند که این پدر مثلا غیرتی و مسلمان فقط اصرار به پوشیده بودن موهای دخترش دارد و اجزای دیگر بدنش را زیاد مد نظر قرار نمی‌دهد که نشان‌دهنده رفتار اسلامی و ضد ایرانی او است. از همین‌جا معلوم است که سازنده فیلم در نظر داشته تا به شکلی اغراق‌آمیز فرهنگ یک ایرانی را احمقانه جلوه دهد.

از سوی دیگر وقتی پدر عایشه به روی آوردن او به آیین مسیحیت پی می‌برد، او را به شدت کتک می‌زند و از خانه بیرونش می‌کند. بدتر از همه اینجاست که کارگردان به مخاطب خود توضیح نمی‌دهد که چرا پدری که اینقدر غیرتی و اسلام‌دوست است بعد از آگاه شدن نسبت علاقه دخترش به آیین مسیحیت ناگهان بی‌غیرت می‌شود و او را بیرون می‌کند!.

در فیلم خدا نمرده است، کارگردان با مسیحی کردن عده‌ای کافر سعی دارد تا تفکر زنده بودن خدا و ایمان به او را در برابر تفکر مرده بودن خدا و کافر بودن به او قرار دهد که تا حدودی هم موفق می‌شود اما نکته قابل تامل اینجاست که سازنده فیلم در کنار نشان دادن این عده کافر مسیحی شده، یک مسلمان را هم جای داده است که این می‌تواند به دو جهت باشد: یکی آنکه سعی داشته مسلمان ایرانی را به مخاطب خود به عنوان یک کافر نشان دهد و یا اینکه خودش این اعتقاد را داشته که تنها دینی که ظرفیت لازم برای برتری نسبت به مسیحیت تحریف شده امروزی را دارد اسلام است و سعی کرده که عظمت دینی چون اسلام را در پیش چشم مخاطب خود خورد کند که البته به نظر نگارنده تا حدودی هم موفق شده است.