او در سپتامبر ۱۶۴۹ به دعوت ملکه سوئد- برای تعلیم فلسفه به دربار وی در استکهلم رفت اما زمستان سرد این کشور اسکاندیناوی از یک‌سو و ضرورت سحرخیزی در ساعت پنج بامداد برای تعلیم ملکه از سوی دیگر، دکارت را که به این نوع آب و هوا و سحرخیزی عادت نداشت، به بیماری ذات‌الریه مبتلا ساخت.

وی در سال 1650 در سوئد درگذشت و در استکهلم به خاک سپرده شد، اما این پایان ماجرا نبود.

سفیر فرانسه به نام «Hugues» در استکهلم، شبانه جنازه را از قبر بیرون آورده و مخفیانه به فرانسه انتقال داد.در طول 350 سال گذشته استخوان های دکارت همچون انگشتان، جمجمه و... یکی یکی به فروش رسید.

هم اکنون این جمجمه در پاریس نگهداری می شود و قرار است به «مدرسه نظامی Prytanée» که دکارت در آن تحصیل می کرد منتقل شود.بر روی جمجمه در طول تاریخ شعری به زبان لاتین کنده کاری شده است به این مضمون: از سر بزرگ دکارت، این غنیمت کوچک باقی مانده است اما استعداد و نبوغ او در سرتاسر جهان پیچیده و این بزرگی همیشه در ذهن پارسایان به شادی یاد می شود.