۱۶دی سال ۱۴۰۲ اعلام شد که علی آقامحمدی عضو جدید هیئت مدیره استقلال به جای علی خانی انتخاب شده است. از تاریخ اعلام شده تا امروز آقامحمدی حتی در یک جلسه هیئت مدیره باشگاه شرکت نکرده و البته از سوی مراجع رسمی هم هیچ خبری مبنی بر اینکه آیا او قرار است به عنوان عضو هیئت مدیره باقی بماند یا خیر اطلاع رسانی نشد، اما با این وجود وی در هیچ یک از تصمیمات مهم باشگاه استقلال حضور نداشت.

این روز‌ها که اختلافات بین نکونام و خطیر عمیق‌تر شده و حتی کار به مصاحبه‌های بازیکنان کشیده شده تصور می‌شد که هیئت مدیره استقلال و شخص علی آقامحمدی به عنوان فردی کارکشته به این مسائل ورود کند، اما طبق آخرین پیگیری‌ها، وی از هیات مدیره استقلال کناره گیری و تلویحا عدم تمایل خود را برای حضور در چنین فضایی اعلام کرده است.

غیبت وی در نشست‌های هیات مدیره، عدم امضای صورت جلسه‌های مهم باشگاه و ... نشان می‌دهد که آقا محمدی تمایلی برای همکاری و حضور در هیات مدیره استقلال ندارد و به همین علت اعلام کرده تصمیم ندارد در باشگاه استقلال فعالیت کند.